Embora incomum, existem doenças gastrointestinais que podem causar aftas na boca.
A causa mais comum de afta persistente ou recorrente é a chamada afta idiopática, cuja causa desconhecemos, mas parece ter relação com alterações imunológicas. Costumam ser tratadas por estomatologistas, que é uma especialidade da odontologia.
Porém, doenças que acometem o tubo digestivo, como a doença de Crohn e a doença de Behçet, podem causar aftas persistentes ou recorrentes. Nestes casos uma boa avaliação médica é necessária.
Já as aftas ocasionais podem ser causadas por infecções virais, uso de certos medicamentos e, por exemplo, pelo uso de cremes dentais muito abrasivos à mucosa da boca.